PCR实验又称基因扩增实验，每一个实验区域都必须相互独立，不能直接连接。每一个独立的实验区域都有一扇特殊的门，可供工作人员更换工作服和工作鞋。那PCR实验室应该怎么布局呢？
原则上，临床基因扩增检验实验室分为四个分隔工作区：
1、储存和准备试剂的区域
2、标本制备区
3、扩增反应混合物配制及扩增区
4、扩大产品分析区域
如果使用全自动分析仪，该区域可以适当合并，每个工作区域必须有明确的标记，以避免设备和物品在不同工作区域的混合。进入每个工作区域必须严格按照单个方向进行，即试剂储存和准备区域→标本制备区→扩增反应混合物配制及扩增区→扩大产品分析区域。
PCR实验室可以是分散的，也可以是组合的。完成一组PCR实验通常需要四个实验过程:试剂配制、样品处理、核酸扩增和产品分析。如果需要实验过程，还应增加样品粉碎过程。
核酸扩增室和产品分析室应为微负压，以防止含有核酸的气溶胶扩散污染试剂和样品。负压效果可以通过控制排气风量大于进气风量来实现。理想情况下，正压可以设置在PCR实验室的缓冲室内，使室内空气不流向室外，室外空气不流向室内。PCR实验室的进气由原中央空调控制，要求将中央空调出风口安装到指定点，高度铺设在地面后2600毫米。
如果房间深度允许，可以设置PCR内部专用走廊。需要指出的是，缓冲间在减少室内外空气交换方面比专用走廊更有意义。
