滤光系统
酶标仪简单的是用滤光方式来划分。一般来说，可以分为滤光片型和光栅型两大类。也有一些酶标仪里面同时装上了滤光片和光栅。但是滤片和光栅并不能同时完成同一个检测，本质上还只是把滤片和光栅放在了一起，并没有使两者糅合而产生新的技术突破。
光栅型滤光系统具有使用方便，可以进行光谱扫描，灵活性等优点。当然，滤光片系统也有其显著的优势，例如价格较为便宜，检测灵敏度高，带宽的可选择性，可以进行快速的滤光片切换，可配备有自动加样系统，在化学发光检测中光线的透过率高。
目前，滤光片系统应用更广，因为它可以让实验者完成更多的试验。
测定波长
一般酶标仪的测定波长在400～750nm或800nm之间，完全可以满足ELISA的显色测定。目前国内常见的ELISA试剂盒所使用的标记用酶均为辣根过氧化物酶(HRP)，底物通常为四甲基联苯胺(TMB)和邻苯二胺(OPD)，其在过氧化氢溶液的存在下，经HRP作用，分别氧化为2，2，—二氨基偶氮苯(DAB)和联苯醌。当pH值为5．0左右时，DAB在450nm波长处有吸收，当pH值降为L 0时，吸收波长移至492 nm，同时摩尔消光系数变大，显色加深，因而常用强酸如硫酸或盐酸终止反应。TMB的氧化产物联苯醌在波长450nm处有消光系数，如果HRP量少，H：O：和TMB过量时，则形成蓝色的阳离子根。降低pH，即可使蓝色的阳离子根转变为黄色的联苯醌，使用硫酸作为终止剂可使产物稳定90min。因此，450nm和492 nm两个波长是目前ELISA测定常用的。各种酶标仪都配有放置滤光片的可自动转换的部件，可以同时安装6～8片滤光片，所配备的滤光片均应包括上述两个波长，有的酶标仪以490nm滤光片替代492nm滤光片，影响不大。除了这两个基本滤光片外，考虑到双波长比色的需要，还应有620nm或630nm或650nm和405nm波长的滤光片，其他滤光片可根据自己的需要选择。有时，有的实验室希望用酶标仪作微量生化测定，故酶标仪生产厂家对其生产的酶标仪扩展了紫外检测功能，此时需要一个340 nm波长滤光片。此时，酶标仪的测定波长范围就成为340—750nm或800nm。
酶标仪有单波长和双波长检测功能。有时使用者不知在什么情况下使用单或双波长检测。所谓的“单波长”就是使用一种对显色具吸收的波长即450 nm或492 nm进行比色测定；而“双波长”则除了用对显色具吸收的波长即450 nm或492 nm进行比色测定外，同时用对特异显色不敏感的波长如630 nm进行测定，酶标仪打印出来的吸光度则为二者之差。630 nm波长下得到的吸光度是非特异的，来自于板孔上诸如指纹、灰尘、脏物等所致的吸收。因此，在ELISA比色测定中，使用双波长，且不必设空白孔。
测定的吸光度范围
通常，酶标仪的吸光度测定范围在0～2.5之间即可以满足ELISA的测定要求。早期的酶标仪可测定的吸光度一般在0～2.5之间，但现在基本上都做了拓宽，可达到3.5以上，并且能保持很好的精密度与线性。因此，对于酶标仪的吸光度范围不必去刻意追求大的吸光度范围，主要要看在一定的吸光度范围内的线性和精密度如何。
光学系统
酶标仪的光学系统采用的是垂直光路多通道(通常为8或12通道，亦有单通道)检测，一般为硅光管或光导纤维，除测定通道外，有的酶标仪还有一个参比通道，每次测定可进行自我校准。酶标仪的光学系统功能如何，均可通过酶标仪测定的吸光度范围、线性度、精密度和准确度等体现出来。光学系统好的话，则上述指标也应较佳。测定的精密度与测定通道之间的均一性有直接关系。单通道可避免因通道不同所致的差异。
检测速度
酶标仪的检测速度是指其完成比色测定所需要的时间。检测速度快，有利于提高检测的精密度，即避免由于测定过程中，因测定时间不同所致的各微孔间吸光度间的差异。目前市场上常见的酶标仪检测速度都非常快，通常在数秒钟内。
